Kolonoskopi hastalara gün içerisinde yapılır ve hastalar aynı gün taburcu edilir. Hastanın hastanede yatmasını gerektiren bir işlem değildir. Hastalar acil haller haricinde bağırsak boşaltılmış olarak yapılır. Hastanın geçirdiği hastalıkların öyküsü sorulur. Şikayetleri, yapılan tüm tetkikleri, daha önceki hastalıkları, kullandığı ilaçlar, geçirdiği ameliyatlar doktor tarafından kaydedilir. Hastaya kolonoskopi işlemi doktoru tarafından detaylı anlatılır. Doktor hemşiresi damar yolu açar. Hastanın bulguları, kalp atım sayısı, kan oksijen düzeyi izlenir. Hasta yapılacak kolonoskopiye en uygun şekilde uzandırılır. Hastaya ilaç veriler ve tüm refleksleri korunarak, kontrollü olarak uyku haline alınır. Damar yolundan verilen bu ilaç kolonoskopi işlemi sırasında hastanın daha az ağrı hissetmesi ve/veya ağrısız uygulama için kullanılır. Bağırsak gevşemesi için de Buscopan adlı ilaç verilebiliyor. Enjekte edilen ilaçların etkisi ile hasta uyku haline geçer. Çok zorunlu olmadıkça kolonoskopide tam bir anestezi yapılmaz. Kolonoskopi tamamlandıktan sonra hasta uyandırılır. Bu uyanma işlemini hızlandırmak ve uyku sağlayan ilaçların etkisini bitirmek için yine uyarıcı başka bir ilaç verilebilir.
