Mikroenjeksiyon, tüp bebek yöntemine göre daha farklı bir yöntemdir. Bu yöntemlerin arasında sadece laboratuvar ortamındaki farklılıklar boy göstermektedir. Tüp bebek yönteminde yumurta ve sperm bir ortamda kendi yolları ile döllenir. Fakat mikroenjeksiyon yönteminde sperm yumurtanın içine enjekte edilir ve bu yolla döllenme sağlanır. Laboratuvar ortamındaki fark ise spermin yumurtayı hangi yolla dölleyeceğine bağlıdır. Mikroenjeksiyon genellikle spermlerin yeterli sayıda olmadığı ve spermlerin yeterli kalitede olmaması durumunda daha etkili bir yöntemdir. Bu durumda yani spermlerin kalitesiz olduğu durumlarda yapılan mikroenjeksiyon yöntemi tüp bebek yöntemine göre daha pahalı bir yöntemdir. Tüp bebek yöntemi daha kolay uygulanır.
