Tüp bebek denildiği zaman zaten bir yöntem vardır o da yapay döllenmedir. Mikro enjeksiyon daha fazla tercih edilen bir yöntemdir. Tüp bebek tedavisi sırasında yapılan işlemlerde bazen tedaviye göre protokoller değiştirilebilmektedir. Yumurtlama takibi için farklı protokoller kullanılabilir. Hastanın yaşına, ağırlığına, kaç yıldır kısırlık yaşadığına göre ve daha önceki tahlillerin başarısına göre protokoller değiştirilebiliyor. Bunun dışında gününe göre transfer işlemi değiştirilebiliyor. Bazen 2. bazen 3. bazen de 5. gün transfer yapılabiliyor. Embriyon transferinde eskiye oranla daha az embriyon konulmaktadır. 3 veya en fazla 4 embriyon konuluyor. Genelde 2-3 embriyon tercih edilir. Bazı tüp bebek vakalarında genetik tahliller yapılmaktadır. Bu da farklı protokol olabilir. Yani ailede eğer sakat bir çocuk varsa 2. çocuğunu sakat istemiyorsa mutlaka tüp bebek yapılıyor. Bunun iki farklı amacı vardır. Birincisi bebekte oluşabilecek sakatlığın önüne geçmek hemde yeni oluşacak bireyin kardeşiyle ortak doku durumu oluşturmasıdır. Böylece kardeşinin tedavisine faydası olabilir.
