Vücuttaki öbür doğal açıklıklar gibi, vajina da özellikle kendi başına bırakıldığında, kendi kendini temizleyebilir. Ancak öbür açıklıkların tersine yerçekimi gücü bu konuda yardımcı olur. Sıvılar vajinanın üst bölümlerinde birikmez, yerçekimi etkisiyle aşağı iner.
Normal koşullarda, vajina ve dış genitaller hiç karışılmadan da sağlıklı kalabilir. Hatta, bu bölgenin tümüyle denge içinde olduğunu düşünürseniz, hiç karışmamak gerektiğini anlarsınız. Temizlik açısından yapmanız gereken şey vajina ve anüsü günde bir kez (hava çok sıcaksa daha fazla) yumuşak bir bebek sabunu kullanarak yıkamaktır. Bunu yaparken asla antiseptik bir sabun kullanmayın. Fazla temizlemeye çabalamayın; avucunuzda sabunu köpürtün, bölgeyi ılık suyla ıslatın, dış yüzeylere köpüğü sürün. Vajinanın iç bölümünü temizlemeye çalışmayın. Buna hiç gerek yoktur. Bu bölge vajinal salgılarla doğal olarak temizlenmektedir. Vajinanın içerisini temizlemeye çalıştığınızda vajinanın kendi koruyucu mekanizmasını da ortadan kaldırmış olursunuz. Böylece enfeksiyon olasılığı artar. Vajinada temizlenmesi gereken dışarda birikenlerdir.
