Emilimden geri kalanlar anüs yolu ile dışarı atılırlar. Bu geri kalan madde dışkı (gaita) nın ancak dörtte biri kadardır. Geri kalan kısım bakteriler, dökülen bağırsak mukozası (iç yüzünü saran zar) vesairedir.
İnce bağırsakta emilime uğrayan yalnız madde değildir. Onunla beraber su da emilir. Böylece kalın bağırsağa geldiği zaman bu içerik hemen hemen sert haldedir.
Bağırsakta dışkının içinde bulunan büyük sayıdaki mikropların da sindirimde önemli rolleri vardır. Bunlar bilhassa bitkisel yiyeceklerde bulunan selülozu parçalarlar. Bizim fermentlerimiz buna yeterli değillerdir.
Yine bu mikroplar vücudumuzda kullandığımız hazı kimyasal maddeleri de üretirler. K vitamini bunlardan biridir. Bağırsakta, bakterilerin imal ettiği K vitamini emilime uğrayarak vücuda grirer. Eğer K vitamini olmasa, en ufak kanamalar bile ölümle sonlanırdı; zira kanın pıhtılaşmasında en önemli rollerden biri de K vitaminine düşmektedir.
Vücut sağlıklı oldukça bu mikropların bir zararı olmaz. Fakat herhangi bir sebeple zayıf düşerse, bunlar, safra kesesine, böbreğe ve idrar kesesine geçebilirler. Burada tedavisi güç iltihaplar sebep olabilirler.
Bağırsağın en önemli mikrobu koli (bacterium coli) dir. İltihap yaptığı yerde aynen dışkının kokusu duyulur. Aynı zamanda iltihap içinde gaz bulunur. Bağırsak gazlarını yapan bu mikroptur.
